Program Kreativní Evropa sídlí v Bruselu, řídí ho Evropská komise. Ta je rozdělena na 33 Generálních ředitelství (Directorate General, DG). Část KE Kultura spadá pod DG Education and Culture (DG EAC), část MEDIA spadá pod DG Communication Networks (DG CNECT). Evropská komise určuje koncepci programu a jeho priority.
Program administruje Evropská výkonná agentura pro vzdělávání a kulturu (European Education and Culture Executive Agency, EACEA). Ta vypisuje výzvy, má na starosti jejich vyhodnocení a kontrolu.
V každé členské zemi je žadatelům k dispozici národní kontaktní místo neboli Kancelář Kreativní Evropa (Creative Europe Desk, CED).